El Centro del Sur se ocupa de una gran variedad de cuestiones, todas ellas relevantes tanto para los países del Sur como para la comunidad internacional. Mediante esa labor, se pretende alcanzar los objetivos del Centro, de conformidad con el mandato del Centro del Sur en calidad de centro de reflexión independiente e intergubernamental de países en desarrollo. En febrero de 2006, se alcanzó un hito importante en la elaboración de un programa de trabajo a medio plazo con la aprobación de un Programa estratégico de trabajo por parte de la Junta del Centro del Sur. Dicho programa tiene por objeto elaborar un enfoque adecuado para abordar, de manera holística, diferentes cuestiones prioritarias para los países en desarrollo.

El Programa estratégico se divide en siete grandes áreas de trabajo. Por un lado, la Plataforma Intelectual de l Sur (SIP) procura desarrollar nuevos modelos de relaciones Sur-Sur y Norte-Sur que proporcionen los fundamentos conceptuales de la labor del Centro del Sur. Por otro lado, la gobernanza mundial para el desarrollo, el comercio para el desarrollo y la innovación y el acceso a los conocimientos son otras tres áreas en las que el Centro también ha adquirido un bagage intelectual importante. Y por último, la financiación para el desarrollo, el medioambiente para el desarrollo y las cuestiones sociales y los derechos humanos representan las tres áreas restantes. El Centro también trabaja, aunque de manera más ocasional, en estas cuestiones. Siin embargo, mediante el Programa estratégico, se pretende incorporar a medio plazo este tipo de trabajo en los programas anteriormente mencionados. El Programa estratégico de trabajo ha sido diseñado para proporcionar un análisis técnico de calidad, fundamentado en un mensaje político de solidaridad Sur-Sur y en una ideología basada en la justicia, con el objetivo de aportar opciones diferentes en foros tales como la Organización Mundial del Comercio (OMC) y la Organización Mundial de Propiedad Intelectual (OMPI), así como alternativas al modelo actual del desarrollo. Este programa se llevará a cabo conjuntamente por colaboradores del Sur y del Norte.